射精后有轻微腰疼可能由多种原因引起，包括以下几点：

1. 肌肉疲劳：射精时腰部肌肉会出现一定的紧张，尤其是在较长时间的性活动后，这种紧张可能导致腰部不适感。

2. 神经刺激：射精过程中，神经系统会有一系列反应，可能会引起短暂的腰部不适。

3. 姿势不当：某些性姿势可能会增加腰部负担，导致射精后的不适感。

4. 前列腺充血：射精后，前列腺充血是正常的生理现象，有时可能会引起腰部不适。

大多数情况下，这种轻微的腰部不适是暂时的，通常不需要特别治疗。如果不适感持续或加重，建议尽快就医，以排除其他可能的健康问题。