肾结石体外碎石后仍然感觉疼痛可能由多种原因引起。手术后的不适感可能是正常的手术反应之一，而且通常会在数天内缓解。残留的结石碎片或者尿路内的炎症也可能导致疼痛感。手术中使用的设备可能对尿路造成轻微创伤，也可能是疼痛的原因之一。建议患者密切关注疼痛的性质和强度，并及时就医进行评估。医生可能会建议进一步的检查，如影像学检查或尿液分析，以确定疼痛的原因，并相应调整治疗方案。患者应遵循医嘱，多饮水，保持适当的饮食和生活习惯，以促进康复。如果疼痛加剧或伴随其他严重症状，应及时就医寻求专业帮助。