先天性睾丸发育不全的病因包括遗传因素、胎儿期的发育异常、激素水平异常等。在遗传因素中，存在家族性遗传倾向，即家族中有成员患有睾丸发育不全的情况，可能增加后代患病的风险。胎儿期的发育异常可能由于胎儿睾丸的发育过程中出现问题，如胎儿睾丸未能在胚胎期间正常下降至阴囊。激素水平异常也可能影响睾丸的正常发育，例如雄激素水平低下或者雄激素受体异常。其他可能的因素还包括母体在怀孕期间暴露于环境污染物或药物的影响，以及与某些疾病（如肾上腺皮质功能减退症）相关的基因突变。需要注意的是，以上病因可能会相互作用，导致先天性睾丸发育不全的发生。