灵芝糖浆通常被认为是一种天然的保健品，但它也可能引起一些副作用。常见的副作用包括头痛、头晕、口干、消化不良和皮疹等。在少数情况下，灵芝糖浆可能引起过敏反应，表现为皮肤瘙痒、呼吸困难或肿胀等症状，这时应立即就医。

由于灵芝糖浆可能影响血液凝结，因此与血液稀释药物（如阿司匹林）或抗凝药物同时使用时应格外小心，并在使用前咨询医生的建议。

对于孕妇、哺乳期妇女、有出血倾向或即将接受手术的人士，以及正在接受药物治疗的患者，建议避免使用灵芝糖浆或在医生指导下使用，以免发生不良反应或药物相互作用。

虽然灵芝糖浆被认为具有许多保健功效，但在使用前应充分了解其可能的副作用和适用人群，并在必要时咨询医生的意见。