褪黑素的副作用可能包括头痛、恶心、轻度焦虑、消化不良以及白天的嗜睡感。一些用户可能会报告出现更严重的副作用，如心悸、视觉障碍或肌肉震颤，但这些情况相对较少见。长期使用褪黑素可能影响人体的内源性褪黑素分泌，导致依赖性或耐受性增加。与其他药物相互作用的风险也存在，尤其是与抗抑郁药物或血液稀释剂一同使用时。尽管如此，大多数人对褪黑素的耐受性良好，并且副作用通常是轻微且暂时的。最佳做法是在医生的指导下使用褪黑素，并避免长期连续使用。