运动后肌肉疼痛是否应使用毛巾热敷取决于具体情况。一般来说，热敷和冷敷各有其适用场景和效果。

热敷的作用和适用情况：

1. 促进血液循环：热敷可以扩张血管，增加局部血流量，从而促进新陈代谢和废物排出，有助于减轻肌肉酸痛和僵硬。
2. 放松肌肉：热敷能够放松紧张的肌肉，缓解痉挛和不适感。
3. 使用时机：热敷通常适用于运动后24小时以后的肌肉酸痛，尤其是慢性疼痛或僵硬的情况。

冷敷的作用和适用情况：

1. 减轻炎症和肿胀：冷敷能够收缩血管，减缓血液流动，减少炎症和肿胀。
2. 缓解急性疼痛：冷敷可以麻痹局部神经末梢，减轻疼痛感。
3. 使用时机：冷敷适用于运动后的急性损伤或发炎，例如扭伤、拉伤等情况，一般在运动后24小时内使用。

如果运动后肌肉疼痛属于急性损伤或有明显肿胀，应首选冷敷。若疼痛为迟发性肌肉酸痛（DOMS）或肌肉僵硬，则在运动后24小时后使用热敷可能更为合适。具体处理应根据个人情况和疼痛程度选择适当的方法，如有必要，建议咨询专业医疗人员的意见。