维生素E烟酸酯胶囊的副作用可能包括轻度的消化不适，例如胃部不适、恶心或轻微的腹泻。少数个体可能会出现过敏反应，如皮疹、瘙痒或过敏性休克。长期高剂量使用可能导致出血倾向增加，特别是与抗凝药物或抗血小板药物同时使用时。维生素E烟酸酯可能影响某些药物的吸收或代谢，与其他药物同时使用时需谨慎。在服用维生素E烟酸酯胶囊前，应咨询医生，特别是对于有慢性疾病或正在服用其他药物的个体。