手淫习惯导致射精后尿道口刺痛可能是由于多种原因引起的，可能包括以下几个方面：

1. 过度摩擦造成的刺激：手淫时对尿道口周围组织的摩擦可能会引起局部的刺激和炎症反应。

2. 尿道口感染：手淫前没有正确清洁双手或有细菌感染的情况下进行手淫，可能导致尿道口的感染，引起射精后刺痛的症状。

3. 射精时的生理反应：射精时，尿道口会经历一定的生理变化，这种变化有时会导致短暂的刺痛感，通常不需要治疗。

4. 性传播感染：有些性传播疾病（例如淋病或生殖器疱疹）可能会导致尿道口的疼痛感，需要医生诊断和治疗。

5. 过敏反应：个别人群可能对某些清洁剂、润滑剂或乳胶避套过敏，这些物质接触尿道口后可能引起刺痛感。

若出现射精后尿道口刺痛的情况，建议咨询医生进行详细评估和诊断，根据具体情况可能需要进行尿道分泌物检查或其他相关检查，以明确诊断并进行相应的治疗。