这种情况可能是由多种原因引起的，包括但不限于以下几种可能性：

1. 疱疹病毒感染：疱疹病毒可以在阴茎及其周围皮肤上引起水疱和疙瘩，同时伴有疼痛和瘙痒感。

2. 毛囊炎：毛囊炎是一种常见的皮肤感染，通常由细菌引起，会导致阴茎底部出现红肿、疼痛和疙瘩。

3. 尿道炎症：尿道炎症可能导致阴茎底部出现疼痛、瘙痒和疙瘩，常伴有尿液异常。

4. 皮肤过敏或湿疹：某些化学物质、洗涤剂或个人护理产品可能引起皮肤过敏反应，导致阴茎底部出现疙瘩和瘙痒。

5. 性传播感染：某些性传播感染如生殖器疱疹、淋病等也可能导致阴茎底部疙瘩。

由于病因多样化，建议您咨询医生进行详细的身体检查和诊断，以确定病因并获得适当的治疗方案。