酪酸梭菌活菌在一些人群中可能导致副作用，尽管这种情况相对较少。常见的副作用包括轻微的胃肠道不适，如腹泻、腹胀、恶心或呕吐。在极少数情况下，可能会出现更严重的不良反应，如过敏反应或严重的胃肠道反应。这些副作用通常是暂时的，并且在停止使用酪酸梭菌活菌后会逐渐消失。

对于那些有免疫系统功能受损或正在接受免疫抑制治疗的个体，使用酪酸梭菌活菌可能存在潜在的风险。在这种情况下，建议在使用之前咨询医疗专业人员，以评估潜在的利益和风险。

大多数人在使用酪酸梭菌活菌时不会经历明显的副作用。任何新的药物或补充剂使用前，都应谨慎行事，并在必要时寻求医疗建议。