运动后膝盖内侧肌肉疼可能是由多种因素引起的。常见原因包括过度使用、肌肉疲劳、运动姿势不当、肌肉拉伤或肌肉扭伤等。内侧膝盖疼痛可能与内侧股骨加压综合征有关，即内侧股骨与膝关节内侧软组织摩擦引起的疼痛。内侧膝盖疼痛也可能与内侧副韧带损伤有关，尤其是在运动中出现转向或转弯时。

预防内侧膝盖疼痛的方法包括正确的运动姿势、适当的热身和拉伸、加强相关肌肉群的锻炼、适当的休息和康复、选择合适的运动场地和器材，并在运动过程中逐渐增加强度和时长。

若疼痛持续或加剧，建议咨询医生或理疗师进行进一步评估和治疗。治疗方法可能包括休息、冰敷、理疗、药物治疗或手术等，具体治疗方案应根据个体情况而定。