男生生殖器上长小水泡可能是由多种原因引起的，包括但不限于以下情况：

1. 生殖器疱疹：生殖器疱疹是一种常见的性传播感染，由疱疹病毒引起。患者可能在生殖器区域出现水疱，伴有疼痛、瘙痒等症状。

2. 尖锐湿疣：尖锐湿疣是一种由人类乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。患者生殖器上可能出现小而柔软的突起，有时伴有疼痛或痒感。

3. 结节病毒感染：结节病毒感染可能导致生殖器上出现水疱，尤其是在生殖器外部皮肤表面。

4. 阴茎头包皮炎：包皮炎可能导致阴茎头上出现水疱，伴有瘙痒、疼痛等症状。

由于这些情况可能需要专业医生的确诊和治疗，建议患者及时就医，以获取正确的诊断和治疗方案。