男生尿不干净且有余尿可能由多种因素引起。其中包括但不限于以下几点：

1. 前列腺问题：前列腺炎、前列腺增生等情况可能导致尿道受到压迫或阻塞，造成尿液排出不畅，存在余尿。
2. 尿道狭窄：尿道狭窄可能由感染、损伤或先天因素引起，导致尿液排出不畅，造成尿不干净及余尿情况。
3. 膀胱问题：膀胱功能异常或膀胱肌肉无法完全收缩可能导致尿液残留，形成余尿。
4. 神经系统问题：神经源性膀胱或其他神经系统疾病可能影响尿液控制，导致尿不干净及余尿情况。
5. 泌尿道感染：尿道、膀胱或其他泌尿道感染可能导致尿液异常，包括尿不干净及余尿。

以上所列原因仅为可能性之一，确切的诊断需要通过医学检查和专业医生的诊断确认。若出现尿不干净及余尿情况，建议及时就医，接受相关检查和治疗。