跑步时小腿后面肌肉疼痛可能是由于多种原因造成的，包括过度使用、不正确的跑步姿势、不合适的鞋子或跑步表面、肌肉疲劳和拉伤等。为减轻疼痛，建议采取以下措施：

1. 休息：给受伤肌肉足够时间恢复，避免再次受伤。
2. 冷敷：在运动后立即使用冰袋冷敷受伤区域，每次持续15-20分钟。
3. 按摩：轻柔按摩疼痛区域有助于缓解肌肉紧张和疼痛。
4. 拉伸：进行适当的小腿后侧肌肉拉伸，有助于缓解紧张和促进康复。
5. 逐步恢复运动：在疼痛缓解后，逐渐恢复跑步活动，并确保正确的姿势和合适的鞋子。
6. 涂抹止痛膏：使用医生建议的止痛膏或凝胶来缓解疼痛和炎症。

如果疼痛持续或加剧，建议咨询医生进行进一步评估和治疗。