负重长跑主要会训练以下肌肉：

1. 下肢肌肉：包括大腿的股四头肌、股二头肌、腿后侧的半腱肌和半膜肌，以及小腿的比目鱼肌、胫骨前肌等。

2. 核心肌群：主要包括腹部的腹直肌和腹横肌，腰部的腰方肌和腰大肌。

3. 臀部肌肉：臀大肌和臀中肌等臀部肌肉群。

负重长跑通过额外的负重增加了对上述肌肉的负荷，特别是对下肢肌肉的负荷更为显著。这些肌肉在长时间的负重状态下需要更多的力量来支持和运动，因此得到更为充分的训练。

负重长跑也会影响心肺功能，通过增加体重和阻力来提高耐力和力量，以增强整体体能水平。

负重长跑是一种综合性的训练方式，能够有效地促进全身的肌肉发展和心肺功能的提高。