新生儿沙眼衣原体感染严重程度因个体情况而异。在一些情况下，感染可能会引起轻微不适，而在其他情况下可能会导致严重并发症。一般来说，如果及时诊断和治疗，大多数新生儿沙眼衣原体感染可以通过使用抗生素眼药水治愈，不会造成严重后果。如果感染未及时治疗或治疗不当，可能会导致角膜炎、结膜炎等眼部并发症，严重情况下可能影响视力甚至导致失明。因此，对于新生儿沙眼衣原体感染，及早寻求医疗建议和治疗至关重要，以避免潜在的严重后果。