肾盂性肾炎通常是由细菌感染引起的。常见的致病菌包括大肠埃希菌（Escherichia coli）、变形杆菌（Proteus mirabilis）、粪链球菌（Enterococcus faecalis）等。这些细菌可以通过上行感染途径，即从尿道进入膀胱，再通过尿液逆行进入肾盂，导致肾盂性肾炎。其他情况下，感染也可能通过血液循环或淋巴系统直接到达肾脏。除了细菌感染外，肾盂性肾炎也可能与结石、先天性异常、尿路梗阻、免疫缺陷等因素有关。