判断肾结核的愈合主要依据包括：

1. 影像学检查：通过MRI、CT扫描或X射线等影像学技术观察肾部病变情况，如结核病灶的大小、数量、边界清晰度等，以评估治疗效果。

2. 临床症状缓解：患者的症状如发热、尿频、尿痛等是否减轻或消失，是判断病情好转的重要指标之一。

3. 实验室检查：监测患者的血常规、尿常规、尿培养等指标，观察炎症指标的变化，如白细胞计数、C-反应蛋白水平等，有助于评估炎症程度和治疗效果。

4. 细菌培养和药敏试验：根据细菌培养结果确定结核菌的存在与否，以及对抗结核药物的敏感性，指导后续治疗方案。

综合以上各项指标，医生可以综合评估患者的肾结核治疗效果，判断是否已达到愈合标准。但需注意，结核病愈合是一个渐进过程，需持续监测和评估，避免复发和并发症。