同时患有肾结石和肾结核的治疗方案需根据病情严重程度和患者个体特征而定。一般情况下，需联合药物治疗和外科手术干预。针对肾结石，常规治疗包括饮水增多、药物溶石治疗或碎石治疗、尿路通畅保持等。对于肾结核，抗结核药物是主要治疗手段，通常采用多种抗结核药物联合应用，并根据药敏试验结果进行调整。在治疗过程中，需要密切监测病情变化，定期复查影像学和实验室检查。对于部分病情严重或合并感染的患者，可能需要手术治疗，如肾脏切除术或经皮肾穿刺引流术。综合治疗方案应由专业医生根据具体情况制定，患者需密切配合医生的治疗建议，并定期复诊，以达到最佳的治疗效果。