拔出肾结石的管会疼的主要原因是在手术过程中刺激了周围的组织和神经。肾结石手术通常采用尿道镜或腹腔镜等内窥镜技术，通过尿道或腹部切口将管道引入肾脏，用于摄取或粉碎结石。在拔出管道时，由于管道与尿道或腹部组织的接触，可能会导致疼痛感。手术过程中可能伴随有切割、抓取等操作，这些操作也可能引起局部组织的疼痛反应。拔出肾结石的管道引起疼痛的主要原因是手术过程中对周围组织和神经的刺激。