运动时肌肉酸痛的主要原因是运动引起的微小肌肉损伤，尤其是在进行新的或高强度运动时。这种损伤导致肌肉细胞中的代谢产物（如乳酸）在肌肉组织中积聚，刺激神经末梢并引起疼痛感。运动时肌肉的活动还会导致肌肉内部的炎症反应，加剧酸痛感。这些炎症反应可能导致肌肉组织中的水肿和局部炎症介质的释放，进一步刺激疼痛感。随着肌肉损伤的修复和适应性改变，肌肉酸痛感会逐渐减轻。适当的休息、饮食和身体状况都可以影响肌肉酸痛的程度。