肩部扭伤后，肌肉跑着疼可能是由于损伤后的肌肉组织受到炎症或痉挛的影响所致。扭伤可能导致肌肉纤维的拉伸或撕裂，进而引发疼痛和不适感。扭伤也可能造成周围组织的炎症反应，加重疼痛感。在康复过程中，肌肉周围的炎症可能会导致肌肉痉挛，进而引发持续性的疼痛。

为了缓解肌肉疼痛，可以采取一些措施，如冰敷、局部按摩、轻度活动等。冰敷可帮助减轻炎症和疼痛感，而局部按摩可以促进血液循环和肌肉放松。在医生的指导下进行适当的运动和物理治疗也可以加速康复进程，增强肌肉的稳定性和力量。如果疼痛持续或加重，建议及时就医，以获得进一步的诊断和治疗建议。