虽然一些男性性器官的疾病不是性传播疾病，但为了不使病情恶化或对女性造成影响，也应该避免进行性行为。

男性生殖器官的疾病种类包括:

某些性器官天生异常，例如外生殖器异常或者严重的尿道下裂等，导致患者的尿道不是在阴茎头部开口，而是在阴茎体内或者会阴部开口。这样的情况会影响阴茎勃起，也会影响射精。

 性器官急性炎症包括睾丸炎、附睾炎、精索炎、前列腺炎、精囊炎等。在急性炎症发作期间，性交时性器官会高度充血和浮肿，性刺激会使病情加重，增加不适。

性器官的一些特殊感染，例如结核病、性病和滴虫病等，在患病期间如果进行性生活，不仅会加重病情，还会传染给配偶。

一些性器官肿瘤，如阴茎癌、睾丸肿瘤、前列腺癌等，必须避免性生活。原因是进行性交会加速性器官的血液循环，提高癌细胞转移的风险，并对女性的健康不利。

性器官皮肤病，例如阴茎部的疣和阴囊部的湿疹，如果房间不卫生，可能会导致继发的细菌感染，治愈后不能在卫生环境较差的房间工作。此外，泌尿系统感染，特别是尿道炎、膀胱炎患者，也应停止性生活。