有氧运动通过一系列复杂的生物化学反应促进脂肪的代谢。有氧运动增加了身体对氧气的需求，从而提高了心率和呼吸速率。这种氧气的增加是脂肪代谢的关键，因为脂肪氧化需要大量的氧气。

在有氧运动过程中，肌肉细胞中的线粒体利用吸入的氧气将储存在脂肪细胞中的脂肪酸转化为能量。这个过程称为脂肪氧化或β-氧化。脂肪酸被转运到线粒体内，在一系列酶的作用下分解成乙酰辅酶A（acetyl-CoA）。乙酰辅酶A进入三羧酸循环（TCA循环）或柠檬酸循环，在其中被进一步氧化，最终生成二氧化碳、水和大量的三磷酸腺苷（ATP），ATP是细胞的主要能量来源。

有氧运动可以增加身体的基础代谢率（BMR），即在静息状态下身体消耗的能量。这种效应意味着即使在运动结束后，身体仍然会继续消耗更多的能量，有助于脂肪的进一步分解和减少。

有氧运动通过提高氧气利用率、增加脂肪酸氧化和提高基础代谢率来促进脂肪的代谢。这使得有氧运动成为减脂和保持健康的重要方法。