小腿脂肪凹陷疼痛可能由多种原因引起。常见的原因包括以下几点：

1. 脂肪缺失：某些情况下，脂肪在腿部凹陷，导致皮肤下组织较少，这可能引起疼痛或不适感。

2. 肌肉疼痛：运动引起的肌肉疼痛或过度使用某些肌肉，会引起局部不适感。

3. 血管问题：血管问题（如静脉曲张）可能导致腿部疼痛和不适感。

4. 神经问题：神经受损或受压迫也可能引起疼痛感。

5. 皮肤疾病：例如湿疹、皮肤炎症或皮肤感染等皮肤疾病引起的疼痛。

由于可能的原因多种多样，建议您尽快咨询医生进行详细评估和诊断。医生可以通过详细的病史询问、身体检查以及必要的实验室检查或影像学检查来确定病因。治疗将依据具体的病因进行，可能包括药物治疗、物理治疗或手术治疗等。

请注意，以上信息仅供参考，并非替代专业医疗建议。如有不适或疑问，请及时就医。