小便肾区疼痛可能是由多种因素引起的。常见原因包括泌尿系统感染、尿路结石、肾盂肾炎、肾结核、肾囊肿、肾结石或肾盂肿瘤等。肾脏结构异常、泌尿系统结构异常、肾动脉或肾静脉血栓形成也可能引起疼痛。除此之外，某些全身性疾病，如糖尿病、风湿性疾病等，也可能导致肾区疼痛。要确定病因，可能需要进行相关检查，如尿常规、尿培养、超声波、CT扫描或MRI等。治疗取决于病因，可能包括抗生素治疗（如果是感染）、止痛药物、尿路镜手术、尿路支架放置或肾脏手术等。如果出现肾区疼痛或其他不适，建议尽快就医，以便及时诊断和治疗。