运动后肌肉疼痛通常是由延迟性肌肉酸痛（DOMS）引起的。这种疼痛通常在运动后的24到72小时内达到高峰，主要是由于肌肉在运动过程中经历了不熟悉或强度较高的负荷，导致肌纤维发生微小的损伤和撕裂。此类损伤通常发生在偏向离心收缩的运动中，例如下坡跑步或举重的放下阶段。

当肌纤维受损后，身体会启动修复过程，这包括炎症反应和相关的化学物质释放，这些反应导致疼痛和僵硬感。肌肉在修复过程中会变得更强壮，以适应新的运动强度和负荷。研究表明，DOMS不仅与肌肉损伤有关，还可能涉及肌肉周围的结缔组织损伤和肌肉内的神经末梢受刺激。

预防和缓解DOMS的方法包括逐渐增加运动强度，确保充分热身和拉伸，适当的休息和恢复，以及使用冰敷、按摩和轻度的恢复性运动。有时，非处方的抗炎药物也可以帮助缓解症状。

需要注意的是，虽然DOMS是运动后肌肉疼痛的常见原因，但如果疼痛持续时间较长或伴随肿胀、极度的疼痛感，应咨询医疗专业人士以排除其他潜在问题。