深蹲运动时膝盖疼痛可能由多种因素引起，包括但不限于以下几点：

1. 姿势不正确：深蹲时，如果膝盖跟不上脚尖的运动轨迹，或者膝盖内扣或外翻，都可能增加膝盖的压力，导致疼痛。

2. 肌肉力量不足：如果大腿、臀部或核心肌群力量不足，膝盖可能要承受更多的重量，容易导致疼痛。

3. 关节问题：如半月板损伤、滑膜炎等，可能在运动时感到膝盖疼痛。

4. 过度训练：如果深蹲的次数、重量或频率过大，可能导致膝盖疼痛，属于过度使用伤害。

5. 身体结构问题：如腿长短不一、脚部内外翻等，也可能导致深蹲时膝盖疼痛。

针对这种情况，建议逐步调整深蹲的姿势和深度，确保膝盖与脚尖保持一致的方向，并在运动前进行适当的热身活动。如果疼痛持续或加重，建议咨询专业医生或理疗师的建议。